اهل تسنن جمهوری آذربایجان دو دسته هستند. سنی‌های بومی عموماً در مناطق حاشیه‌ای و در نزدیکی مرزهای شمال شرقی و شمالی و جنوبی و جنوب‌شرقی زندگی می‌کنند. در باکو محل تمرکز فعالیت‌های شهروندان سنی مذهب مسجد تاریخی "اژدربیگ" است. اهل سنت در دستگاه‌های دولتی جایگاه درخور توجهی ندارند و اهرم و ابزار تبلیغاتی قوی و مؤثری نظیر رسانه‌های دیداری، نوشتار و الکترونیکی به صورت چشمگیر ندارند.

اهل سنت در جمهوری آذربایجان بیشتر در مناطق قازاخ، تووز، شاماخی، آغستافا (بیشتر حنفی ها)، قوبا، قوسار، اوغوز، خاچماز، اسماعیلی، زاقاتالا، شکی، قاخ و بالاکن ساکن هستند. اهل سنت از قدیم حنفی ها و شافعی ها بودند که بعد ها به آنها نورچی ها (طرفداران فتح اله گولن) سلفی ها (وهابی ها) افزاوده شدند. در شمال آذربایجان بیشتر شافعی ها هستند که میان آنها عقاید سلفی گسترش پیدا کرده است.

نورچی ها

فرقه «نورچی» از وابستگان «طریقت جماعت گولن» از فرقه های مذهبی در ترکیه است. «فتح ا.. گولن» رهبر این طریقت مذهبی که اختلاف عمیقی با رهبری سیاسی فعلی ترکیه دارد در حال حاضر در آمریکا زندگی می کند.

پیروان فرقه دینی «نورچی» نیز با الهام از «جماعت گولن» با راه اندازی مدارس دینی در کشورهای مختلف فعالیت می کند.

          ۱۲  مدرسه، دانشگاه قفقاز و برخی نهادهای آموزشی دیگر در آذربایجان به این جریان اختصاص داشت. جنبش گولن به عنوان یک جریان اسلامی بیش تر به آموزش اهمیت می دهد، در آذربایجان هم به صورت گسترده انتشار یافته بود.

در مناطق دیگر آذربایجان، اساساً هم در مناطق شمالی و غربی (شهرهای شکی، زاگاتالا، بالاکن، قازاخ و آغداش) انسان های منسوب به طریقت نورچی وجود دارد . نورچیهای آذربایجان که بعد از عملیات ترکیه،کاملا به حاشیه رفته اند.

شبکه تلویزیونی ANS ج. آذربایجان نیز به دلیل پخش برنامه علیه دولت ترکیه و حمایت از فتح الله گولن مخالف سرسخت دولت آنکارا و موضع گیری خلاف روابط راهبردی ج. آذربایجان و ترکیه بسته شد.

بر اساس قانون اساسی ج. آذربایجان دین و دولت از هم جداست و تمام عقاید دینی در برابر قانون یکی است. 

اکثر سنی های جمهوری آذربایجان با اکثریت شیعه ارتباط  و همبستگی نزدیکی دارند و در کنار هم با تفاهم و دوستی زندگی می کنند. آقای الله شکور پاشازاده رئیس اداره مسلمانان قفقاز ارتباط نزدیکی با سنی های آذربایجان و حتی منطقه قفقاز ایجاد کرده است. وی رئیس اداره مسلمانان قفقاز است و در واقع یک شخصیت شیعه از سوی مفتی های اهل سنت قفقاز به عنوان رئیس انتخاب شده که حکایت از ارتباط نزدیک اهل سنت و شیعیان در منطقه دارد. معاون اول  آقای شیخ الاسلام سلمان موسی اف، سنی می باشد و در برخی از مساجد شیعیان، روزهای جمعه ، اهل سنت نماز برپا می کنند.

اکثریت مردم آذربایجان به لحاظ نسلی شیعه هستند، و با این وجود در طول این دو دهه هنوز، در آذربایجان معارف اسلامی آنگونه که باید گسترده نشده است اما مردم خود به سراغ آموزش مسائل دینی و مذهبی می روند. چرا که در آذربایحان در مدارس درس دینی و اللهیات  تدریس نمی شود . همچنین سنی ها نیز در جمهوری آذربایجان مثل شیعیان تحت تاثیر روند تاریخی ضد مذهب و ضددین در دوره ی شوروی سابق قرار گرفته اند. در طول دو دهه استقلال هم  شکل گسترده دین و معارف اسلامی در این منطقه شکل نگرفته است. اما افرادی که به دنبال یادگیری مسائل دینی هستند به کشورهای دیگر می روند. مردم سنی آذربایجان خیلی شناخت عمیقی از اهل تسنن ندارند. دوم این که حوادثی که در آذربایجان اتفاق می افتد، در اثر دخالت های خارجی است. عربستان تبلیغ وهابیت می کند. به علاوه مردمی هم که جذب آن شده اند، بیشتر به خاطر انگیزه های مالی بوده است. از این کشور عده ای بر علیه سوریه و عده ای هم جذب داعش شده اند.

 سرکوبی دین در دوره شوروی از یک طرف موجب نزدیکی بین ادیان است و از طرف دیگر در آذربایجان که خودآگاهی مذهبی هر زمان زنده و فعال بوده است، امکانی برای هماهنگی و ادغام بین جوامع شیعه و سنی به وجود آورده است. اسلام شیعی که سنت مبتنی بر امامت را تمثیل می کند از نظر شکل عبادت و محل عبادت تفاوت های خاص خود را داراست. در چارچوب این نزدیکی عبادت سنی ها در مساجد شیعیان طبیعی جلوه می کند و در سال های دهه ۶۰ و ۷۰ در اعیاد دینی، شیعه و سنی مشترکاً عبادت خود را به عمل می آورند

برعکس این بخش از فعالیت‌های سنی مذهب، تفکر سنی وارداتی از خارج فعال‌تر عمل می‌کند. ترکیه یکی از مؤثرترین کشورها در این زمینه محسوب می‌شود. در بین کشورهای عربی نیز کویت و عربستان سعودی بیشترین فعالیت دینی را در جمهوری آذربایجان دارند.

فرقه وهابیت هم که در منطقه قفقاز عموماً از نواحی داغستان و چچنستان تغذیه می‌شود  بیشتر در بین گروه‌های سنی حاشیه‌ای در آذربایجان نفوذ دارد. تا قبل از آشکار شدن افکار و ایده های افراطی سلفی ها و تکفیری ها و ظهور طالبان، القاعده و داعش،  فرقه های  وهابیون آذربایجان از حمایت خاموش برخی دولتمردان  آذربایجان به خاطر انتفاع شخصی برخوردار بودند  و با هدف تغییر ترکیب جمعیتی جمهوری آذربایجان و مقابله با شیعیان در این کشور فعالیت گسترده ای داشتند.

کشور جمهوری آذربایجان حدود ده میلیون نفر جمعیت دارد. از این جمعیت، حدود ۷۵ درصد شیعه هستند. از این ۷۵ درصد شیعه، از مابقی یا حدود ۲۵ درصد حداقل ۲۰ درصد اهل سنت هستند. تا فروپاشی شوروی، آن‌ها نمونه بارزی از زندگی مسالمت‌آمیز را با شیعیان داشتند. یعنی هیچ مشکلی در آذربایجان به اسم بحث شیعه- سنی، تکفیری و وهابی وجود نداشت و کسی در این مورد اطلاعی نداشت. بعد از فروپاشی شوروی، همه‌چیز شروع می‌شود و دو موضوع پیش می‌آید. یکی این‌که، شیعیانه می‌خواهند به فرهنگ و اصالت خود که در زمان شوروی از بین رفته برگردند. در آن زمان از شیعه فقط بحث محرم و اسم امامان و مسائل ظاهری مانده بود. بنابراین جوانان خود را به  مرکز تشیع یعنی ایران رساندند تا در مشهد و قم درس بخوانند. زمانی که شیعه تلاش می‌کند سطح معرفتی خود را بالا برد، اهل سنت هم تلاش می‌کنند چنین کاری انجام دهند. دراین‌بین جمعیت تکفیری و وهابی اهل سنت در شمال آذربایجان زندگی می‌کنند. یعنی ممکن است حتی در باکو یا حتی در جنوب آذربایجان هم آن‌ها را پیدا کنید، اما تمام جمعیت تکفیری و وهابی این‌ها سرچشمه گرفته از شمال آذربایجان دارد. هم‌جواری شمال آذربایجان با چچن ها و سایر تکفیری‌هایی در آنجا سبب شده است که افکار تکفیری و وهابی به جریان‌های اهل سنت آذربایجان نفوذ کند. ریشه بحث از جایی شروع شد که یک عده از اهل سنت بنا را بر این گذاشتند که جوان‌های خود را برای درس خواندن به کشورهایی مثل عربستان و مصر بفرستند. افرادی که در مصر درس‌خوانده‌اند، معتدل‌ترند. اما افرادی که در حوزه خلیج‌فارس و عربستان و پاکستان درس‌خوانده‌اند، به‌شدت با افکار تکفیری و وهابی بازگشته‌اند.

این موضوع نتیجه شروع جریانی به نام وهابی و تکفیری در آذربایجان شد و به‌شدت از نظر مالی حمایت شد. اولین کاری که آن‌ها در جمعیت آذربایجان، بزرگ‌ترین مناطق تجاری شهرها را به دست گرفتند و جوان‌های اهل سنت را جذب و در کنار آن دعوت به مساجد نمودند. در آن زمان یا بیست سال قبل حساسیت خاصی نبود و برای فعالیت آن‌ها حساسیتی نبود. بعد از دوره‌هایی قبلی گذاشته از داخل آن‌ها برگزیدگانی را انتخاب می‌کردند تا وارد بحث جریان‌های تکفیری شوند. لذا کم‌کم به آن‌ها بحث وهابیت، جهاد اسلامی و حتی برای همراهی با طالبان در افغانستان و داعش در سوریه  آموزش داده و وارد این عرصه‌ها شدند. با سرمایه‌ای که عربستان و کشورهای حوزه خلیج‌فارس می‌کرد، آن‌ها به‌تدریج با پول خود وارد بدنه دولت شدند.